Et bedehus for den lokale indremisjonsforeningen ble oppført i Gjerstadveien 1669 (fylkesvei 418, ved krysset med fylkesvei 3686) i 1876. I 1870-årene var den en viss utmelding fra statskirken lokalt, sentrert om Risør frikirke, som også hadde medlemmer i Gjerstad-området. Dette er omtalt i jubileumsboken for Gjerstad kirke.
Bygget skal ha blitt brukt av frikirkemenigheten fra 1887, og Gjerstad frikirkemenighet ble visstnok formelt stiftet i 1989. Kirkebygget ble ombygget i 1934, 1966 og 1984–87. Ifølge tidligere informasjon på menighetens nettsted hadde menigheten 136 medlemmer. Fra 1. januar 2021 ble menigheten slått sammen med Songe frikirkemenighet til Songe og Gjerstad frikirke. Det kan se ut til at det er kirkebygget på Songe som blir benyttet etter dette.